A tentativa de tomar São José do Norte, para garantir um porto, resultou naquele que foi considerado o combate mais sangrento da guerra. Conta-se que as ruas da vila ficaram cobertas de cadáveres. Nele, os farroupilhas tiveram 181 mortos, 150 feridos e 18 deles foram feitos prisioneiros. Os imperiais tiveram 72 mortos, 87 feridos e 84 prisioneiros. Apesar da violência do evento, ele também é lembrado pelo gesto cavalheiresco do coronel Antonio Soares Paiva, que comandava a guarnição legalista da cidade. Ao término do combate, Bento Gonçalves - que estava à frente das tropas farrapas - lhe enviou uma mensagem, dizendo que se achava sem médico e remédios para seus feridos. O coronel Paiva, então, lhe mandou um médico e metade dos medicamentos de que dispunha. Em agradecimento, Bento libertou todos os prisioneiros legalistas. Para alguns, o combate de Ponche Verde destacou-se por marcar o início do fim da Revolução, embora não tenha havido, nele, um vencedor definido. Mas a revolta seria mesmo enterrada na chamada "surpresa" de Porongos, acontecimento cercado de suspeitas. Nele, as forças republicanas foram totalmente dispersas e, segundo algumas versões, teria sido "armado" entre o general farrapo David Canabarro e o então Barão de Caxias, com o objetivo de exterminar as tropas negras farroupilhas, formadas por ex-escravos que haviam sido libertados para lutar ao lado dos rebeldes. Segundo essa versão, David Canabarro já estaria negociando a paz com Caxias, mas um dos pontos polêmicos da questão era o que fazer com os negros - se voltassem ao cativeiro, poderiam se rebelar; se fossem considerados livres, poderiam se transformar em uma força perigosa. Graças ao ataque de Porongos, em que os contingentes negros estavam acampados em separado dos brancos, ficou resolvida a questão: diz-se que, de cada cem mortos no campo de batalha, oitenta eram negros. É impossível precisar o número exato de mortos e feridos dessa guerra. O historiador Tristão de Alencar Araripe - que defendia declaradamente o ponto de vista do governo Imperial -, foi autor do primeiro livro em que as informações sobre a Revolução Farroupilha foram sistematizadas, publicado em 1881. Ele, que provavelmente teve acesso a documentos oficiais sobre o assunto, pois foi presidente da província do Rio Grande do Sul de 1876 a 1877, calculou que morreram, no total, 3.400 homens, sendo que os farrapos perderam quase o dobro do que os legalistas.
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